Հնում քաղաքի տարածքում գտնվում էր Կիդոնիա պոլիսը։

Խաչակրաց չորրորդ արշավանքից հետո Կրետեն հատկացվեց Բոնիֆացի Մոնֆերատսկուն։ Նա իր հերթին այդ տիրույթը վաճառեց վենետիկցիներին 1000 արծաթյա մարկի դիմաց։ Վենետիկցիները իշխել են կղզուն 1252 թվականին, սակայն 1263 թվականին Ջենովայից նրանց մրցակիցները մալթացի կոմս Էնրիկո Պեսկատորեի առաջնորդությամբ և տեղի բնակիչների աջակցությամբ նրանց դուրս մղեցին կղզուց։ Ջենովան կղզու վրա իր իշխանությունը պահպանեց մինչև 1285 թվականին վենետիկցիների վերադարձը։

Վենետիկցիների օրոք Խանիա քաղաքը դարձավ կղզու վարչակազմի ղեկավարի՝ ռեկտորի նստավայրը։ Քաղաքը զարգացող գյուղատնտեսական տարածաշրջանի կարևոր առևտրային կենտրոնն էր։ Սկզբում վենետիկյան կառավարությունը խիստ էր և ճնշող, սակայն ավելի ուշ կրետեցիների և վենետիկցիների հարաբերությունները բարելավվեցին։ Վենետիկի հետ շփումը հանգեցրեց կրետական և վենետիկյան մշակույթների միահյուսմանը, սակայն հույները պահպանեցին ուղղափառ դավանանքը։ Քաղաքը կոչվեց Լա Կանեա։ Քաղաքային ամրությունները ամրապնդվեցին, իսկ քաղաքի սահմանները ձեռք բերեցին ժամանակակից ուրվագծերը։

1453 թվականին՝ Կոստանդնուպոլսի անկումից հետո, մի շարք հոգևորականներ, վանականներ և նկարիչներ ապաստան գտան Կրետե կղզում։ Հետագա ժամանակաշրջանում Խանիա քաղաքում ձևավորվեց բյուզանդական, վենետիկյան և դասական հունական մշակույթների խառնուրդ։ Այդ ընթացքում կառուցվեցին մի շարք կարևոր շինություններ, զարգացան գրավոր մշակույթը, երաժշտությունը և կրթությունը։

Թուրքերը քաղաքը գրավեցին 1645 թվականի օգոստոսի 2-ին՝ երկամսյա պաշարումից հետո։ Պաշարման ժամանակ բազմաթիվ զոհեր եղան, հատկապես թուրքերի շրջանում։ Թուրք հրամանատարը վերադարձից հետո մահապատժի ենթարկվեց 40 000 մարդու կորստի պատճառով։

Քաղաքի եկեղեցիների մեծ մասը վերածվեց մզկիթների։ Թուրքերը հիմնականում ապրում էին քաղաքի արևմտյան թաղամասերում՝ Կաստելում և Սպլատցիայում, որտեղ նրանք Դոմինիկյան Սուրբ Նիկոլայի եկեղեցին վերածեցին գլխավոր մզկիթի («Houghiar Tzamissi»)։ Կառուցվեցին նաև նոր մզկիթներ, ինչպես «Kioutsouk Hassan Tzamissi»-ը նավահանգստում։ Քաղաքում կառուցվեցին նաև թուրքական բաղնիքներ և շատրվաններ։ Կրետեի թուրք փաշայի նստավայրը ևս գտնվում էր Խանիայում։

1821 թվականի հակաթուրքական ապստամբության ժամանակ քաղաքում բախումներ տեղի ունեցան հույների և թուրքերի միջև, որոնք երկու կողմից էլ զոհերի պատճառ դարձան։ Զոհվածները հիմնականում քրիստոնյաներ էին։ Մելխիսեդեկ Դեսպոտակիս եպիսկոպոսը ապստամբությանը մասնակցելու համար կախաղան հանվեց ծառի վրա։

Հալեպի համաձայնագրից հետո (1878 թվականի սեպտեմբերի 30) քրիստոնյա բնակչությունը ավելի շատ իրավունքներ ստացավ։ Սակայն 1889 թվականի հակաթուրքական ելույթներից հետո հույների ստացած արտոնությունների մի մասը 1889 թվականի հոկտեմբերի 26-ի հրովարտակով չեղյալ հայտարարվեց։ Սակայն խռովությունները շարունակվեցին նաև 1890-ական թվականների ընթացքում։ 1898 թվականին Օսմանյան կայսրությունը Կրետեին ինքնավարություն տվեց, իսկ 1913 թվականին այն պաշտոնապես ներառվեց Հունաստանի կազմում։ Այդ ժամանակաշրջանում թուրքերը քաղաքից վերաբնակեցվեցին Թուրքիայում։ Մնացած թուրք բնակչությունը բնակվեց Խանիայում մինչև 1923 թվականին հույն-թուրքական բնակչության փոխանակությունը։